jquery.jsの読み込みについて

nekomimiTaichoさまありがとうございます。

wp-includesから読みこまれたものはv1.8.3（jQuery v1.8.3 jquery.com | jquery.org/license）
動作するもの（スクリプトに同梱されていたもの）はv1.4.2（jQuery JavaScript Library v1.4.2）です。
なんかバージョンの表記の仕方も全然ちがうのですが、名前は同じjquery.jsです。

テーマは自作です。気になったので一応、Twenty Twelveでも試しましたが、同梱のjquery.jsを読み込まなければ動作しないというまったく同じ現象でした。

gatespaceさんありがとうございます。
自分でも色々と調べてみてWrodPressでは$をjQueryを変えなければいけないというのを知りました。同梱のjquery.jsを使う分には$のままでも動作しましたが、それは置いておいてこの部分を書き換えました。そのスクリプトが下です。

<script type="text/javascript">
jQuery(function(){
	jQuery("#toTop a").click(function(){
		jQuery('html,body').animate({ scrollTop: jQuery(jQuery(this).attr("href")).offset().top }, 'slow','swing');
	return false;
	})
});
</script>

とりあえず、今の段階ではヘッダー内に直接記述しています。（php wp_head(); の直前）
サンプルではこのスクリプトの直前にjquery.jsを読み込むようになっていましたので、ソースを確認したところ自分の場合はこのスクリプトの後にjquery.jsが読み込まれていました。

そこで、下記のようにスクリプトの前にwp-includesのjquery.jsを強制的に読み込んでみたところ、動作しました。（当たり前ですが、この記述では自動で出力されるjquery.jsと二重に呼び出す形となっています。
）

<script type='text/javascript' src='http://example.com/wp-includes/js/jquery/jquery.js?ver=1.8.3'></script>
<script type="text/javascript">
jQuery(function(){
	jQuery("#toTop a").click(function(){
		jQuery('html,body').animate({ scrollTop: jQuery(jQuery(this).attr("href")).offset().top }, 'slow','swing');
	return false;
	})
});
</script>

このことから、同梱されているものと違うため動作しないということではなく、スクリプトの読み込みの順番で動作していないということのようです。
自動でjquery.jsを読み込まないようにすればよいとは思いますが、そもそも先にjquery.jsを呼ぶということはできないでしょうか？