jsフォルダの階層について

初歩的なことで恐縮です。
現在、海外の無料テンプレートを使用してます。
javascriptsを使用したいのですが、jsファイル
をアップロードする場合、もともと存在するjsディレクトリに
アップロードしないと動作しないのでしょうか？

またその場合、後でいらなくなったものを削除しやすくするため、、
jsディレクトリの中にさらにディレクトリを作ってその中にjsファイルを
アップロードしても機能するのでしょうか？
よろしくお願いします。