Loco Translateの翻訳が反映されない

お世話になっております。

サイトで使っているテーマやプラグインで海外製のものが多いので、Loco Translateを使っていますが、場所をカスタムにすると翻訳が反映されず、システムにすると反映されます。

ただ、システムに保管すると上書きされてしまうので困っています。

上書きされずに翻訳を反映させる方法はありますか？