はい。以下に書きます。(少々見にくいですが申し訳ありません。)
OSバージョン > FreeBSD 9.1-RELEASE-p15 amd64
プラン > さくらのレンタルサーバ スタンダード
CPU > Intel Xeon E312xx (Sandy Bridge)
メモリー容量 > 18GB
Apacheバージョン > Apache/2.2.25
PHP 5.4
データベース バージョン > MySQL 5.5
http://{サイトのURL}/wp-admin/update-core.php を開いて、
バージョン 3.9.1–ja を再インストールしたい場合、ここでその作業を行ってください。あるいはパッケージをダウンロードして手動で再インストールしてください。
というメッセージのすぐ下にある「再インストール」を押してみて頂いていいですか?
はい、再インストールしたところ、ms_files_rewritingが書き換えられることはなかったのですが、db_versionの値は「96593」となっていて正常値にはなりませんでした。
ms_files_rewritingが0から1に書き換えられてしまう現象が再発しました。昨日再インストールしてからwp-admin\includes\upgrade.phpの1355行目の処理はコメントアウトしていませんでした。この間、プラグインの更新なども行っていません。まさになぞのタイミングで処理が走っているようです。同じサーバー内に同環境を新たに構築し、wordpressのエクスポート・インポート機能でマルチサイト全てを移行しようと思っています。