PHP4で動作するがPHP5で500エラーが出ます

いつも参考にさせていただいております。

2ヶ月ほど前から、さくらインターネット（スタンダード）にてWP2.5.1を運用しておりましたが、8月25日に2.6.1へとアップグレードいたしました。
アップグレード後は各ページや管理画面をざっと確認し、正常でしたので安心しておりましたが、8月27日午前2時頃より急に500エラーが出て見えなくなってしまいました。

あれこれ原因を調べていましたら、PHP4では正常動作することを確認できました。
さくらではPHPのバージョンをコンパネで選択できるのですが、今まで利用していたPHP5.2.6では500エラーが出て、PHP4.4.9に切り替えると動作しております。

「サーバ側で何か仕様が変わったのでは？」と思い、さくらインターネットのメンテナンス情報や障害情報を確認しましたが、該当するサーバの仕様変更は確認できませんでした。

PHP5.2.6の状況でphpinfoを試すと表示されるので、サーバ側の不調でもなさそうです。
また、アップグレード後は新規の投稿をしておりません。
何でこのタイミングで不調になったのか原因がつかめず、困っております。

環境は以下の通りです。
FreeBSD 6.1、Apache/1.3.39 、mysql4.0.27

以下のことを試してみました。
1.プラグインを全部無効化、テーマをデフォルトに変更→改善見られず
2.FTPにてアップロードした画像以外を削除し、ファイルを再送信→改善見られず
3.主要なフォルダと.phpのパーミッション確認（フォルダ755、.php705)

何か他に改善の手がかりや、確認するべき事がありましたらアドバイスをお願いいたします。