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急に３ページ目以降が表示されなくなりました

何もしないでなることはないと思いますので、最近なにをしたか思い出して見ましょう。

もしかしたら3.0にアップグレードしてからかもしれません

可能であれば他のフォルダ、新規DBで3.0をクリーンインストールしてみて同じ状況が発生するか確認してみることをお勧めします。また、古いバージョンをいったんインストールしてバージョンアップで発生するかの確認までできると、問題がどこにあるのかはっきりするでしょう。
１．バージョンアップで発生して、クリーンで発生しない場合－＞現在のWordPressもクリーンインストールで直るかもしれません。
２．バージョンアップでも、クリーンでも発生する場合－＞サーバー特有か、テーマとバージョンの組み合わせで発生している可能性も考えられます。テーマをデフォルトに戻してみるなどで問題の切り分けができるでしょう。
３．バージョンアップでも、クリーンでも発生しない場合－＞テーマが同じなのであればバージョンアップに失敗している可能性があります。インストールしなおしなどで直る可能性もあります（単純にフォルダの上書きアップロードでも直るかもしれません）

上記のような別インストールテストなどができないようであれば、もうやっているとは思いますが、原点に戻って、テーマをデフォルトに戻す、プラグインを全て止める、再インストールしてみるなど、やってみるしかありません。ただし、バックアップは忘れずに;)