query_postsを使ったカテゴリーの表示件数とページ送りのページ数がずれる

こんにちは。
query_postsを使って、カテゴリー毎に表示件数を変えようとして、ページ送りで行き詰ってしまいました…
こちらの質問　http://ja.forums.wordpress.org/topic/4310?replies=7
も見てみたのですが、少し違う…？ような気がしたので、改めて質問させて頂きます。

どなたかアドバイス頂けないでしょうか？

【やりたい仕様】
各カテゴリーページ（アーカイブ？）の１ページあたりの表示件数を
・『カテゴリー１』…５件
・『カテゴリー２』…１０件
として、

<<前のページ　1　2　3　…　10　次のページ>>

のようなページネーションを表示したい。

【現状】
ソースはこう書きました。

***category-01.php***

<?php
query_posts($query_string . '&cat=カテゴリーID&posts_per_page=5'); ?>
<?php if (have_posts()) : while (have_posts()) : the_post(); ?>
      <div class="article">
      <?php the_content();?>
      </div>
<?php endwhile; endif; ?>
<?php wp_reset_query();?>

***category-02.php***

<?php
query_posts($query_string . '&cat=カテゴリーID&posts_per_page=10'); ?>
<?php if (have_posts()) : while (have_posts()) : the_post(); ?>
      <div class="article">
      <?php the_content();?>
      </div>
<?php endwhile; endif; ?>
<?php wp_reset_query();?>

***ページネーション部分（カテゴリー１と２共通）***

<div class="pager">
<?php global $wp_rewrite;
$paginate_base = get_pagenum_link(1);
if (strpos($paginate_base, '?') || ! $wp_rewrite->using_permalinks()) {
	$paginate_format = '';
	$paginate_base = add_query_arg('paged', '%#%');
} else {
	$paginate_format = (substr($paginate_base, -1 ,1) == '/' ? '' : '/') .
	user_trailingslashit('page/%#%/', 'paged');;
	$paginate_base .= '%_%';
}
echo paginate_links( array(
	'base' => $paginate_base,
	'format' => $paginate_format,
	'total' => $wp_query->max_num_pages,
	'mid_size' => 5,
	'current' => ($paged ? $paged : 1),
)); ?>
</div>

・カテゴリーページ１ページあたりの表示件数自体は、query_postsの指定の方が反映されている。
・ページ送り部分を表示させると、表示している件数とページ送りの数が合わない。
・ページ送り用のプラグインは使っていない。（Yuriko.Netさんのソースを拝借しました）

記事数は各カテゴリー共に１５件あるのですが、wordpress側の『表示設定』で１ページあたりの最大表示数をカテゴリー１に合わせて『５』にしてみたところ、
・カテゴリー１…５件表示　ページ数３
・カテゴリー２…１０件表示　ページ数３
となってしまいます。
カテゴリー２は１０件表示なので、分割数は２ページになってもらいたいのですが…
３ページ目はnot foundにはなりませんが、表示する記事が足りないので<?php the_content();?>の部分には何も表示されません。

今の所、カテゴリー１も２もwordpressの表示設定と同じ表示件数にして対処していますが…上記のようなやりたい仕様を実現する為の知識が足りず、困り果てています。
どうかよろしくお願い致します。