querypostで特定のカテゴリを除外するとソートが機能しない

インデックスページで特定のカテゴリを除外して、投稿日付の新しい記事から順番に8件ずつ表示したいのでしょうか？
デフォルトで日付dateによる降順DESCでリクエストされますので、orderbyとorderの指定は必要ありません。
　
query_posts( “cat=-17&posts_per_page=8” );
　
こちらでは上記で動作しますし、orderbyおよびorderの指定があっても正常に動作します。
正しく動作しない場合は他の部分に原因があると思いますので、前後のソースも提示した方がいいです。
オリジナルのテーマを利用しているのでしょうか？
WP標準のテーマtwenty elevenではどうなりますか？

上記のコードですとTwenty Tenですので、Twenty Tenのindex.phpに同じように記述して確認した所、期待した結果が得られました。
同じバージョンの3.3.1で問題が発生していませんので、コアファイルおよびデフォルトテーマの問題ではないと思います。
WP本体を改造しているのでしょうか？
[wp-includes/query.php]の2632行目の直前でも直後でもいいので、$this->requestを出力するコードを記述してからインデックスページにアクセスして、どのようなSQL文が生成されているか確認してください。（次の行の前でも後でもいいです。）

$this->posts = $wpdb->get_results($this->request);

　
次のようなSQL文が生成されていれば、SQL文に問題はないと思います。
（ORDER BY [Prefix]_posts.post_date DESC がありますか？）

SELECT SQL_CALC_FOUND_ROWS [Prefix]_posts.* FROM [Prefix]_posts WHERE 1=1 AND ( [Prefix]_posts.ID NOT IN ( SELECT object_id FROM [Prefix]_term_relationships WHERE term_taxonomy_id IN ( [除外するカテゴリーおよび子カテゴリのタームタクソノミーID] ) ) ) AND [Prefix]_posts.post_type = 'post' AND ([Prefix]_posts.post_status = 'publish' OR [Prefix]_posts.post_status = 'private') GROUP BY [Prefix]_posts.ID ORDER BY [Prefix]_posts.post_date DESC LIMIT 0, 8

日付でのDESCになっていたら、phpMyAdminなどでデータベースにアクセスして、生成されたSQLを直接実行し、期待した結果が返ってくるか確認してみてください。
　
wp_reset_query()は変更したメインクエリを元に戻す時に使用しますので、上記のように前方でメインクエリを書き換えていない場合は、記述する必要がありません。
追加するとすれば、get_template_part( ‘loop’, ‘index’ );の後に別のテンプレートを読み込み、そちらでは標準のメインクエリで記事を表示するという場合に、変更したメインクエリのループの終了後、別のテンプレートを読み込む前（あるいは読み込むテンプレートでループ開始前）の部分に記述します。