を記入してみましたが変化はありませんでした。
スタイルルールは、IE9で、テスト用のサイトを表示した上で、テキストの色が、赤になる事を確認したので、何かしらの、環境的な違い(例えば、プラグインなどが持っているCSSとの干渉など）があるのかもしれません。
現在は上記のcss修正前の状態にに戻してあります。
よい判断です。以下の事を試す場合も そうしていただくといいと思います。
ヘッダー画像の950pxの幅が30％（見た目ですが）程度上下左右が小さくなっている。
テキストが小さくなっている
全体のカタチが縮小されたように表示される。
レインドロプスの画像表示の仕組みから考えると、レインドロップスの場合、ヘッダー画像を背景画像としてブロックサイズにうまくなじませるスタイルルール（CSS3のbackground-size:cover;）を使って表示していますので、
#header-imageのサイズが、何らかの条件で、ページ幅の70%位に、変更される条件が整うと、画像がそのブロックにフィットするように縮小されます。
この条件は、レイアウトの種類によって、ちょっと変わってきます。
ページ幅が固定(750px 950px 974px)の場合には、ページ幅より小さいヘッダー画像の場合は、実寸でヘッダーの中央に、大きい場合は、ページ幅にフィットします。
ページ幅が fluid の場合には、アップロード画像サイズにかかわらず、#header-imageブロックにフィットするように作っています。
（ このあたりのコードは、ワードプレス3.4に合わせた機能なので、バグがある可能性は大いにあります ）
なので、現在950px幅の、レイアウトをお使いと思いますが、ページ幅の設定を、fluidに、変更してみていただいて、やはり、70%くらいの表示になるかどうか、フィードバックして頂けるとうれしいです。
修正のためのほかの方法について
ヘッダー画像を表示している、#header-imageのサイズをフィルタで変更する
以下のリンクに、変更例があります。
http://www.tenman.info/wp3/raindrops/2012/08/04/header-image-height-display-improperly/
（fluidの場合は、ページサイズが変化するので、javascriptもつかって、#header-image幅、高さをコントロールしています。fluidでは、これは使えません。）
より詳細度の高いスタイルの設定方法
functions.phpに以下のPHPを書いていただければ、埋め込みスタイルの末尾に、スタイルが追加されます。syle.cssに記述するより、ルールが、より強く働きます。
add_filter( 'raindrops_embed_meta_css', 'my_ie_style' );
function my_ie_style($default){
$css = '.ie9 #site-title a span{color:red!important;}';
return $default."\n{$css}";
}
その他 functions.phpを古いものに戻す
前バージョンのfunctions.phpへのリンクは、以下ですが、0.983 8/3 ライブ、0.982 7/19 ライブという風に、頻繁に変更があるので、原因がさらに前のバージョンの変更によるものである可能性もあるので、直らなかったら、すぐ元に戻してください。
http://themes.svn.wordpress.org/raindrops/0.984/functions.php
もし、可能であるならば、
style.cssに、以下のスタイルを記述していただき、どのブロックが、どれぐらいのサイズになっているか、教えてください。
#header-image,
#top,
#hd{
border:1px solid red!important;
}
