rel=”nofollow”の追記による、アフィリエイトのクリック数や成果の大幅な減少に関して

当方アフィリエイトサイトの運営者です。

【質問内容】
1,既存サイトにアフィリエイトコードに「rel=”nofollow”」を追記したことで、アフィリエイト成果やアフィリエイトコードのクリック数に異常が出ることはありますでしょうか？

2,プラグインをダウンロードしたことによりファイルの書き換えなどありえるでしょうか？またハッキングや書き換えをされてないか調べる方法はありますでしょうか？

3,仮に、rel=”nofollow”とアフィリエイト成果の異常に関連があった場合は、レンタルサーバーのバックアップ機能を使って、「rel=”nofollow”」を追記する以前の状態に戻せばアフィリエイト成果やコードのクリック数の異常は直るものでしょうか？

【当方の状況】
・ワードプレスにてサイト運用。WordPress 4.9.8 。テーマはSimplicity2 （バージョン: 2.2.0g）
・「Ultimate Nofollow(バージョン 1.1.5 |)」「Rel Nofollow Checkbox(バージョン 1.4.7)」のプラグインを使いテキストのアフィリエイトリンクにはrel=”nofollow”を追記。画像のアフィリエイトコードには、画像詳細の「リンク rel」よりnofollowを追記。
・前週同日と比較し約40%アフィリエイトリンクのクリック数が減少。アクセスの上限なし。
・アフィリエイトの成果も一部発生しているものの、10月の1日あたりの平均発生件数と比較すると約8割ダウン。
・rel=”nofollow”を追記したのは記事全体の約15%。
・rel=”nofollow”を追記した記事のアフィリエイトコードは自身が手動で、アフィリエイトコードが正しく遷移するか確認済み
・rel=”nofollow”を追記した、数記事をアフィリエイトの代理店担当者（ASP）に確認してもらったところ異常なしとの報告。クッキー付与・クリック数の計測・アフィリエイトの成果は確認済みとのこと。

以上が状況となります。

そもそも、アフィリエイトコードにrel=”nofollow”を追記しただけで、上記のような異常が起こるものか分からない状況です。

よろしくお願い致します。