single.phpでのページ送りがnotfoundになる

WP-PageNaviでページ送りをしていますが、
個別記事single.phpの2ページ目以降、
URLが「～/page/2/」のように切り替わるものの、
notfoundとなり表示されません。

諦めないで…！WordPressでページ送りがうまく行かない時の3つの対処法+究極奥義
上記などを試しましたがうまくいかず、今は下記のようなソースにしています。

<?php
$paged = get_query_var( 'paged' ) ? get_query_var( 'paged' ) : 1;
query_posts( 'posts_per_page=1&paged=' . $paged );
?>
<?php if (have_posts()) : ?>
<?php while (have_posts()) : the_post(); ?>
<h1><?php the_title(); ?></h1>
<p><?php the_content(); ?></p>
<?php endwhile; endif; ?>
<?php wp_pagenavi(); ?>
<?php wp_reset_query(); ?>

カスタム構造は「/%category%/%postname%/」としており、
Top Level Categoriesプラグインで、URLから「category」を外しています。
試しにパーマリンクをデフォルトにすると、ページ送りできましたが、
構成上「/%category%/%postname%/」にしたいです。

ローカルのテスト環境（Instant WordPress）では動作しているので、
サーバの問題かとも考え、使用しているさくらスタンダードで
同様のケースがないか調べていたところ、
パーマリンクを変更した場合、.htaccessが書き換わるとことがわかりました。

パーマリンクを再設定して見てみたところ、
以下のように書き換わっており、自分の調べた限りでは
問題がなさそうでした。

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>

ここ数日いろいろと試しているのですが、解決できず、
解決に向けて考えられる手立てがありましたら、
お力をお貸しください。よろしくお願いいたします。