topページを２種類作りたい

「アジアパシフィック旅行社」のテーマは「WordPressの教科書」学習者のためなので、手本のままにするために静的サイトで書きだされているからではないでしょうか。本にある通り、「ウィジェット機能を有効」にすればダッシュボードでウィジェットを登録できるようになります。
さて、Variation Shortcode[cta id=”64″ vid=”0″]はポップアップのオプションではないのではないかしら。コール・トゥ・アクションを表示させるページで「Insert Call to Action Template into Content」のボックスで、「Placement on Page」にPopupを選択しているだけです。
なお、ショートコードのダブルコーテーションの開始が半角ではなくて、終了の全角になっていますよ。

「テーマTwenty Fourteen では、メインサイドバー、コンテンツサイドバー、フッターウィジェットエリアの３箇所が出ているのですが、」これは Twenty Fourteen テーマのfunctions.phpを見ると３つウィジェットが有効化されていることが確認できます。

	register_sidebar( array(
		'name'          => __( 'Primary Sidebar', 'twentyfourteen' ),
		'id'            => 'sidebar-1',
		'description'   => __( 'Main sidebar that appears on the left.', 'twentyfourteen' ),
		'before_widget' => '<aside id="%1$s" class="widget %2$s">',
		'after_widget'  => '</aside>',
		'before_title'  => '<h1 class="widget-title">',
		'after_title'   => '</h1>',
	) );
	register_sidebar( array(
		'name'          => __( 'Content Sidebar', 'twentyfourteen' ),
		'id'            => 'sidebar-2',
		'description'   => __( 'Additional sidebar that appears on the right.', 'twentyfourteen' ),
		'before_widget' => '<aside id="%1$s" class="widget %2$s">',
		'after_widget'  => '</aside>',
		'before_title'  => '<h1 class="widget-title">',
		'after_title'   => '</h1>',
	) );
	register_sidebar( array(
		'name'          => __( 'Footer Widget Area', 'twentyfourteen' ),
		'id'            => 'sidebar-3',
		'description'   => __( 'Appears in the footer section of the site.', 'twentyfourteen' ),
		'before_widget' => '<aside id="%1$s" class="widget %2$s">',
		'after_widget'  => '</aside>',
		'before_title'  => '<h1 class="widget-title">',
		'after_title'   => '</h1>',
	) );

「これで正常な動き」をしているかは、利用できるウィジェットにある「Call to Action Static Widget」を「ウィジェット名」エリアにドラッグして表示させたい「Call to Action」を選択します。トップページのテンプレートで、任意の箇所にget_sidebar(ウィジェットのID);を記述します。

しかし、そもそもは「トップページにポップアップで会社名が変わったことを表示させることです。」「CTAの設置箇所はその１箇所のみで」あること。「まだ、レイアウトがうまくいかないのですが、これは自力でなんとかするとして。現状は固定ページや投稿ページでは動作します。」
動作は確認できているわけで、すでにこのトピックは解決していますが、トップページの編集ページで、固定ページや投稿ページと同様に、「Insert Call to Action Template Into Content」ボックスで、「Call to Action Template」にCTA名を登録、「Placement on Page」のプルダウンから一番下の「Popup」をセレクトして完了します。

表示設定のホームページの表示の項目の、“最新の投稿”という表現は日本語感覚からは奇妙なものではありますね。機械的に日本語表示化されているのでしょうから、致仕方のないむず痒いところです。
さて、『最新の投稿』が選択されている時には、テーマのテンプレート内にfront-page.phpがあれば、そのテンプレートが優先して適応されます。
然るに、トップページには固定ページの編集ページに当たる編集ページは表示されないわけですが、それを視野に入っていてのショートコードであり、ウィジェット有効化の提案でもあるのです。front-page.phpにショートコードを記述するのが至極簡便な処理です。ウィジェットの有効化が二番手です。それらが熟せないのですから、表示設定で『固定ページ』にチェックして、ホームページに指定した固定ページでfront-page.phpをテンプレートとして選択することでしょう。