Uploads内で一部の写真が消えてしまった

今日気づいたのだが、Uploads内で一部の写真が消えてしまっていたのです。

メディアライブラリにはファイル名の記録が残っているのですが、本体の画像ファイルそのものが無くなっていました。

全部では無く、一部の写真です。消えた写真は元画像とそれに関連するサムネイルなどです。

原因も消えたタイミングも不明です。

最近行った作業としては、MySQLを4から5に上げるためにデータベースを移行して書き換えました。記事データ、メディアライブラリなどの記録に今のところ問題はありませんが、写真ファイルそのものはデータベースに入っているわけでは無いと思うのですが・・・

同じような事例がございましたらご教示いただければ幸いです。