wordpressの初期化

「403 Forbidden」というエラーが出てサイトが表示できず、いろいろと試しましたが復旧が叶いませんでした。
したがって、WordPressを初期化して、一からサイトを作り直したいと思っています。

サーバーはXREA、ドメインはXserverで取得しています。
XREAのコントロールパネルで、ドメイン設定、サイト設定
データベースを全て削除しました。

WordPressのダッシュボードにログインすると、
このページは動作していません（ドメイン名）では現在このリクエストを処理できません。
HTTP ERROR 500
と表示されます。

CyberDuckでサーバーに接続すると、まだWordPressのコンテンツが残っているようです。
この場合、フォルダを一度全て消去するのが正しいのでしょうか？

また、バリュードメインで最初に設定されるメインドメインはずっと使用しておらず、更新もしていないのですがそれが原因でしょうか。
他社のサブドメインだけではサーバーは使えないのですか。

初心者で何もわからず、すみませんがご教授いただけると幸いです。