wordpressの更新時に特定のファイルは更新させない方法

このindex.phpのみ更新時に更新させない方法はありますでしょうか？

直接↑を実現する方法は思いつかなかったのですが、
代替になりそうな方法としては、

A) 自動アップデートを無効にする
-> 手作業でアップデートが必要なため手間はかかるが、確実性の高い方法

B) WordPress を専用ディレクトリに配置する
-> アップデート時にルートディレクトリのindex.phpは更新されないことを利用する。
(WP4.1 -> 4.2 の場合は更新されない。ただし将来どうなるかは不明)

C) index.php 以外のところに独自カスタマイズのコードを移動させる
-> WordPress のフックなどを活用する。

BとCは、index.phpの書き換え内容によっては、コードの書き換えが非常に手間がかかるケースや無理なケースがあるかもしれないです。