WordPress本体のjqueryでないとLightbox2が動かない

WordPress3.4.2を使用しています。
WordPress本体に最初からあるjqueryだと、コンフリクト設定がされているせいか、自作のJSが使用できないので、WordPress本体のjquery.jsを読み込まないようにfunction.phpに
wp_deregister_script(‘jquery’);を記述し、Google APIのjqueryを使用しています。
しかし、そうすると、自作のJSは動作するのですが、Lightbox2のプラグインが動かなくなりました。ソースを確認すると、フッターあたりに記述されるwp_footer()から出力されるコードがごっそり消えていました。
自作JSもLightbox2もどちらも使用出来る良い方法はないでしょうか。