WordPressでSearch Replace DBを使い、DB変更後に部分的に404エラーが発生してしまう

ロリポップのレンタルサーバー上でWordpressのマルチサイトを構築していて、ロリポップのドメインから独自ドメインへSearch Replace DBを使用してドメイン名の書き換えを行いました。

しかし、独自ドメインの設定が終わっていなかった為、Search Replace DBを使用して書き換えたドメインをロリポップドメインに戻しました。

その後、Wordpressのログイン画面や固定ページの編集画面は表示されるのですが、カスタム構造のパーマリンク設定で行っているページが404エラーで表示されなくなってしまいました。

ロリポップのカスタマーにも連絡したのですが、原因がわからずにどうしようもなくなり、こちらで質問させていただきました。

【現在発生している状況】
http://aaa.hippy.jp ⇒ 表示される
http://aaa.hippy.jp/about ⇒ 表示されない（404エラー）
http://aaa.hippy.jp/?page_id=9 ⇒ 表示される
http://aaa.hippy.jp/en/wp-admin/ ⇒ 表示されない（404エラー）マルチサイト側ダッシュボード

【Search Replace DBを使って行った操作】
① aaa.hippy.jp を http://www.bbb.com　に書き換え
② http://www.bbb.com　を aaa.hippy.jjp に書き換え

このような問題を解決するためにはどのような手順を踏めば良いか、どうかご教示お願致します。