beta を試したわけではないので、はずしているかもしれませんが・・・
単純に、正しくファイルが更新されていないか、キャッシュを見ているか、
バージョンの確認方法がそもそも間違っているか、のどれかかと。
「手動アップグレード」ってことは、サーバのファイルを手作業で上書きしたって
ことですよね?であれば、
1.プラグインを全て停止する。
2.いったんデータベースと全てのファイルをバックアップして、
(クライアントのローカルや、サーバの別ディレクトリなどに)
インストールされている古いwordpressの全てのファイル・ディレクトリを削除。
3.この時点で、ブラウザでアクセスして、404エラーが出ることを確認。
4.新しいwp 3.0のファイルを解凍してサーバに配置
5.wp-config.phpファイルだけをバックアップから戻す。
このとき、3.0でいくつか項目が増えているので、wp-config-sample.phpと照らし
あわせて、設定項目を確認してください。日本語で使うなら’WPLANG’は要設定ですね。
6.ブラウザでダッシュボードにログイン
ここでデータベースのアップグレードが必要なら、1回だけ自動的に処理されます
7.ダッシュボードの「現在の状況(Right Now)」でバージョンを確認。
8.アップロードファイルや、プラグイン、テーマファイルをバックアップから戻す。
9.停止したプラグインを戻す
10.動作確認する
この手順でやれば、3.0の日本語語リリース版になるはずです。
すべてのバックアップを取り、一端3.0beta-1のファイルを削除、dlした3.0日本語のwordpress以下のファイルを公開サーバーへアップロード。投稿内容、画像等全て元の通り。dashboard内のメッセージが日本語に変わっていること確認。更にバージョン表示が「WordPress 3.0 を使用中」と表示。多少ステップを誤ったのか、外観のテーマが引き継がれていませんが、これは別途新規DLでカバーします。有難うございました。