WordPress MU管理画面でのメニューについて

指摘されているメニューはmuに限らず（サイト管理はmu特有）wp標準ですので、これらが消えるということはありえません。恐らくダウンロードしたmuファイルになんらかの異常があるか、プラグイン等が問題を起こしているかのいずれかだと思います。

質問内容だけでは問題解決は難しいので、まずwpmu導入から現在まで行ったことを簡単に書いてください。現在利用中のプラグインもplugins & mu-plugins共にリストアップしてください。