WordPress MU Domain Mapping　について

その通りです。私も今、10個ほどのドメインで使ってます。
ドメインのリミットはないように思われます。ただ設定が同じことを50個ならば、50回しなければならないだけです。
（別々に50個インストールするよりはましですが）
ただレンタルサーバーやVPSの環境によっては設定方法が異なるのと、使えないレンタルサーバーもありますのでご注意ください。（Minibirdはだめでした）
http://ameblo.jp/go2park4kids/entry-11050543721.html
私はValuedomainで使ってましたが、最近はさくらVPSに変更しました。
ちなみにWordPress+マルチドメイン＋Nginxで運用中です。

そんなにレベルの高くない私の回答でよければ参考程度にしていただければと思います。