wordpress3.1.4にアップグレードしたらトップページからのリンクがすべて404

現在wordpreses3.0.4を使用しています。

最新のバージョンWordPress 3.2.1にアップグレード
できればいいのですが、それにはPHP 5.2.4 以降が必要でした。
しかし、サーバー環境の関係でPHP5.1.6 以上にバージョンに
あげることができませんでした。

そこで、PHP5.1.6 で使用できる最新バージョンwordpreses3.1.4
にバージョンアップしたところ、
トップページはちゃんと表示できたのですが、
そこから、どのリンクをクリックしても
404エラーになってしまいました。

単独記事、カテゴリー、アーカイブなど全てのリンクで同じ現象です。
プラグインが原因で404エラーになる記事をみつけたので
プラグインをすべて停止にしてみましたが、
リンクは改善されず404のままでした。
もとのバージョンに戻すとちゃんとリンクは機能しています。

バージョンアップの方法としては手動で行っています。
現在のバージョンも同じ方法で行って特に問題なくバージョンアップできました。

この現象に関して、解決策などご存知の方いらっしゃったらご教授お願いします。