テーマを変更していないでしょうか? テーマが wp_footer() を実行したときに解析用のコードを入れるんですが、テーマによっては入っていない場合があります。
テーマに問題がなければ、その「うまく動いている方」との違いを詳細に比較していくしかないでしょう。サーバーの違い、プラグインの違いなどなど。
返信ありがとうございます。
そういえば、確かにテーマを変更してからだったような。
その時も使ってるテーマにfooterが無くて追記したのを思い出しました。
早速統計できてたテーマに変更し、数十分後に確認したら大丈夫でした。
思い出させていただきありがとうございます。
ただ、その統計がウマく行かなかった時に、解決策を色々探してるうちにWp-SlimStat-ExがV2.0をリリースしてるのを発見、そっちに乗り換えてしまいました。
v2.0はwp2.5以上で正しく動作するので、こちらの方が私好みでした。