WPをCMSとして使いたい

こんにちは、ワードプレス初心者です。よろしくお願いします。

ワードプレスを導入し、CMSとして機能させたいのですが、自分なりにテスト制作した際のやり方がどうも無理矢理な気がするので、制作会社勤務レベルの方はどのような方法でワードプレスを使ったCMSサイトを作っているのか知りたいと思い質問に至りました。

以下、自分なりに作ってみた内容ですが、

サイトのトップページはドメイン直下のルートに自作のトップページ[index.php]を作って設置。

ブログコンテンツを
「ルート/wp(任意)/wp-content/themes/自作テンプレート/index.php他header.php等設置」とし、

個人情報保護方針や会社概要などの「ブログではない」静的ページを
ワードプレス管理から固定ページとして設置した後、固定ページ用の[page.php]を整えて設置。

以上のような構成で制作し、動くっちゃ動く・・・ものが出来ました。

ここで疑問が出てきたのですが、

ブログではない静的コンテンツ、ドメイン直下のトップページ以外の他ページも全て固定ページで作成設置し、CMS化されたページとしてワードプレスの管理から編集できるように設置するのはワードプレスをCMSとして利用する方法としては邪道なんでしょうか？

疑問に思った部分は、

ヘッダー常駐の自作のグローバルメニューに設置するリンク先が、パスを追ったファイル名ではなく、固定ページ設置で作成されたパーマリンクになりますよね？
設定次第では「/wp/%E5%80%8B%E4%BA%BA・・・」のようなリンク先になってしまいますし、
「こんなんでいいのか？」と思ったんです。

ユーザーから見たページ遷移は問題ないでしょうし、第三者が文言の修正をしたい場合でもワードプレス管理から編集が可能なものにはなっていると思います。

ですが、SEOやクローラビりティの面から見た場合、このようなワードプレスの使い方はどうなんでしょうか？　
また、この方法だとhtml5の文書構造タグとワードプレスのphpタグの調整などが自分にとっては結構面倒だったので、こうじゃないんだとろうなぁと思いながら固定ページをしこしこ作ってました・・・。
経験も知識もないのでこれで納得していいのか判断がつきません・・・。　

また、普通、業者レベルなどでワードプレスをCMSツールとして利用する時はどのような扱いで構築をするものなのでしょうか？？