WPのディレクトリ(URL)の変更後について

WordPressを先ほどexample.com/aaa/にインストールしました。
WordPressのアドレスを管理画面からexample.comに設定をし、index.phpをrequire(‘./aaa/wp-blog-header.php’);に変更、example.com直下に移動ししました。

しかし、.htaccessはパーマリンクを変更しても作成されていません。
サーバの管理画面から確認をしても作成されていません。
aaaのパーミッションは755です。777にするとエラーが出ます。
空の.htaccessなどを置くと404エラーなどになります。

とりあえずこの状態でトップページはちゃんと表示されますが、パーマリンクを変更した状態だと記事やページへのリンクがつながりません。

パーマリンクをデフォルト以外にしたいです。

またexample.com/bbb/をbbb.example.comとしてサブドメインにして以前からWordPressをインストールしていますが、表示されなくなってしまいました。
これがまた表示されるようにしたいです。

http://wpdocs.sourceforge.jp/wp-config.php_%E3%81%AE%E7%B7%A8%E9%9B%86#WordPress_.E3.82.A2.E3.83.89.E3.83.AC.E3.82.B9_.28URL.29
や
http://wpdocs.sourceforge.jp/Giving_WordPress_Its_Own_Directory
を見ていますが、phpMyadminやMySQL、phpなどはよくわからないレベルです。

よろしくお願いします。