WPのバージョンアップ後のパーマリンク設定について

いろいろ調べてみたのですが解決方法が見当たらず、ご質問させていただきます。

とある取引先のサイトのWordpressのバージョンアップを行いました。
ただ、認証キーの公開鍵・秘密鍵の場所がわからず、新たに4.7.3のWordpressを
別ルートに作成し、データベースは前回のものをそのまま流用しました。
例）イメージはこんな感じです。
・新しいwp
～/manage/wp-login.php
・今までのwp
～/wp/wp-login.php

バージョンアップそのものはできたのですが、投稿内容についてが表示がされず、
解決方法が不明な状態です。
現在のパーマリンクの設定が「/%category%/%postname%.php」となっていて、
.htaccessも設定を再確認しましたが、改善されていません。
パーマリンクを「基本」に戻すと、表示はされるのですが、固定ページが表示されないため、
データベース上は問題がないかと思います。

その他のチェックの必要な場所が思いつかないので、お力添えをいただきたいです。
よろしくお願いします。