WPユーザー登録画面のカスタマイズについて

無効化した際がどうだったのでしょう。プラグインをインストールして管理画面を開いた時点で、ファイルが生成されます。いきなりプラグインファイルを削除はしてないでしょうが、アンインストール作業が必要です。それでも、インストール以前に戻るものではありません。

見当されているとおりです。プラグイン「Theme My Login」をインストールした時に設定した項目を、解除しないまま削除してませんか。

プラグイン管理画面から「無効化」してから削除した、時データベース上のテーブルも ― プラグインの作りに欠陥がなければ ― 削除されると思われます。しかし、CSSは書き換えられたものを戻すのはユーザーの責任です。