wp-login.phpのパーミッションとファイル名変更

この二つをおこないたいのですが、ファイル名を変えても影響なく動かすには何のファイルを記述変更をすればうまくいくでしょうか？

相当いじらないとだめですね。まず、wp-login.php 自体に、自身へのリダイレクトをしている部分で wp-login.php という文字列を使っているので、これをすべて変更しなければなりません。
次に、wp-includes/general-tempalte.php にある wp_login_url(), wp_logout_url(), wp_lostpassword_url(), wp_register() を修正する必要があります。
さらに、テーマによっては、wp_login_url() を使わずに wp-login.php を直に書いているものがあるので、それらの修正も必要です。

他に、Ktai Style を使っている場合は、PC のログイン URL を検知して携帯ログインに飛ばしていますが、ここで wp-login.php を決め打ちで使っています。これも直す必要があります。

正直、wp-login.php のファイル名変更は苦労の割に効果が低いと思います。
むしろ、ファイアーウォールか httpd.conf 等で wp-login.php にアクセスできる IP アドレスを制限するとか、wp-login.php に Basic 認証をかける方が簡単でかつ効果的でしょう。