wp-security-scanについて

munusさん、こんにちは。

私のテスト環境では、プラグインを有効にしても表示はされています。ですので、回答についても推測にはなってしまいますが。。。
wp-security-scanが表示部分に関してフックしている箇所は、securityscan.phpの下記３行だけになります。

add_action("init",mrt_wpdberrors,1);
add_action("parse_query",mrt_wpdberrors,1);

add_action("init",mrt_remove_wp_version,1);   //comment out this line to make ddsitemapgen work

この中で、initでフックしているmrt_remove_wp_versionは、WordPressのバージョン情報をabcという文字列に変更してしまっています。
プラグインの中には、WordPressのバージョンをチェックして挙動変更を行うものも多々ありますので、これが問題になっている可能性は大きそうです。

あと、このプラグインは、あまりコードがキレイではありません。
コードが汚いというのは、開発者のスキルレベルにも直結する部分であり、総じてプラグインのレベルに反映するものです。

大したことをしているプラグインでもないようですし、一旦チェックして問題がないのであれば、プラグインを停止してしまっても問題ないかと思います。