こんにちは。
皆さんの力を貸していただきたく、書き込ませていただきます。

現在困っていることはタイトルのように、WP Super Cache が思ったようにキャッシュをしてくれないことです。
具体的に言うと、ページの一番下に以下のようなコメントが挿入されている状態です。

Page not cached by WP Super Cache. No closing HTML tag. Check your theme.

HTML タグが閉じていないといっていますが、きちんと閉じタグはありますし(footer.php 内)、W3C Validator 等を使ってみてもタグの閉じ忘れはないようです。
現在は、フリーで配布されているテーマをかなりカスタマイズしている状態ですのでなかなか他のテンプレートに変更してテストしてみることも出来ない状態です。(ローカルでサーバを立ち上げて、default テーマではうまく動いていました)

おそらく、大変基本的なタグ or 関数 などが抜けていそうな気がしますが自分では解決出来ませんでしたのでどうかアドバイスをいただけたらと思います。