WP2.8がコアサーバーでPHPをCGI化していると動かない

コアサーバーでは自動アップグレードなどが出来ないので、.htaccessに

AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php

を追加してPHPをCGI化することで出来るようにしています。
しかしWP2.8にアップグレードすると、Internet Server ErrorでWebサイトを閲覧出来なくなり、さらにダッシュボードのCSSもFirefoxやSafariでは認識しなくなります。