wp_headがタグを吐き出さない

はじめまして。
標題の件ですが、
皆様のお力をお貸しいただきたく、投稿させていただきます。
マルチサイトに関連する事柄ですので、マルチサイトのフォーラムに投稿すべきか
迷いましたが、解決したい現象がこちらのフォーラムに則したものであると
考えましたので、こちらに投稿させていただきました。

まず、WordPressの動作環境ですが、
WordPressのバージョンは3.9.2
サーバはロリポップサーバを使用しています。

次に現象ですが、
WordPressの管理画面にログインした状態で
サイトを表示させた場合にはwp_headで吐き出されるタグは正常に吐き出されているのですが
管理画面にログインせず、直接サイトを表示させた場合にwp_headで吐き出されるはずの
タグがすべて出力されない状態となっています。
スクリプトやCSSなど、すべてのタグが吐き出されていません。
現状では管理画面からログインした状態で表示させたサイトのソースをコピーし、
テンプレートに直接貼り付けて暫定的な対処をしているのですが、
今後のプラグイン追加のために何とか解決したいと考えております。

動作が正常にされなくなる直前に行っていた操作は以下の通りです。
1.マルチサイト化のためwp_config.phpの編集
2.上記操作に関連する.htaccessの編集
3.マルチサイト化のため新規サイトの追加、及び解除のための削除
4.マルチサイト化の解除のため上記2ファイルの編集

当初マルチサイト化を行い、2サイトを運営するつもりでしたが、
管理が複雑であったこと、新規にレンタルサーバを契約したことから
一度行った設定を解除いたしました。
この後から管理画面にログインしない状態で
CSS、スクリプトが動作しないことからwp_headが正常に動作していないことが
発覚いたしました。

安易にマルチサイト化を行おうとしたことは非常に反省しております・・・
完全に自らの落ち度ではありますが
情報をお持ちの方、ご教示いただければ幸いです。