WPMU　サブドメイン＋サブディレクトリ

お世話になります。

現在、サブドメインでwpmuを運用しています。
いくつかのブログを作っていますが、途中にサブディレクトリでのブログが必要になりました。
なので、現在の状況はこうなっています。

example.com
sub1.exapmle.com
sub2.example.com
….
sub9.example.com

example.comの下にサブディレクトリを作りたかったので、ちょっと変則ですが、
wordpressmuの中にwordpressmuを入れる方法でやってみました。
サーバ側で/root/wordpressmu2.7/の中にwordpressmu本体をもう一個入れました。

結果,

/root/wordpressmu2.7/dir/

になりました。
dirは２個目のwordpressmu本体の名前です。

これでurlの接続を http://example.com/dir　にすると最初のインストール画面が表示され、
普通のインストールを行いました。但し、データベースが別々です。

２個目のインストールは無事終了できまして、いろいろ工夫して、
メインブログでの記事作成、画像アップロード、テーマ変更など全ての機能が問題なく動いています。
しかし、ここで新しいブログを追加するとブログ生成まではできますが、
ダッシュボードとか、ブログを表示しようとすると404エラーになります。

http://example.com/dir/subdir1/
http://example.com/dir/subdir1/wp-admin/

自分の考えでは最初のメインブログ
http://example.com/dir/　
までは　物理パースで動いてると思われますが、
http://example.com/dir/subdir1/
からは論理パースになるので
４０４になるのではないかと考えております。

ここからはRewriteルールかwp-config.phpなどのパース変更で可能ではないかと思われますが、
誰かこんな方法で運用している方とか何か良いアイデア持ちの方がいましたら、
ご意見を聞かせて頂けませんか？