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>>ページのURLとhtmlを生成
>htmlを作るのでは無く、単純にURLを表示する”pagination”機能が有るだけだと思います。

失礼致しました、言葉足らずでした。ここでhtmlと言っているのは、ページのリンク部分のhtmlのことです。ページ全体のhtml生成はwp_pagenavi()をコールしているphp全体が行っています。

>$pagedの確認がとれていないのならば、WP-PageNavを停止しカスタムされているqueryで次ページのリンクが有効かをご確認されたらどうでしょう。

こちら行ってみましたが、変化ありませんでした。
get_next_posts_link()を使用して、画面に「Next Page」というリンクを出力し、リンクURLがwp_pagenavi()で生成した2ページ目のURLと同じことを確認し、リンクをクリックしたところ、404になりました。

ということは、やはりqueryに問題があるのでしょうか。

そうですね、そろそろその方向でも考えようかなと思い始めました。

以下の通り修正して試してみましたが、変化はありませんでした。

args = array(
‘post_type’ => ‘post’,
‘post_category’ => 3,
‘paged’ => $paged,
‘posts_per_page’ => 9,
……
);
query_posts($args);

<?php if (have_posts()) : ?>
<?php while (have_posts()): the_post(); ?>

/* Do stuff */

<?php endwhile; ?>

wp_pagenavi();
wp_reset_query();

<?php endif; ?>

上記に修正の上、$pagedに関しても以下の両パターンで試しましたが、変化ありませんでした。

$paged = get_query_var(‘paged’) ? get_query_var(‘paged’) : 1;
$paged = get_query_var(‘page’) ? get_query_var(‘page’) : 1;

Top Level Categories Fix
Custom Post Type Category Pagination Fix

上記２プラグインをdeactiveになっていることを確認の上、削除しましたが、変化はありませんでした。

また、パーマリンク設定の「変更を保存」をクリックした上で再確認してみましたが、こちらも変化がありませんでした。

プラグインは現在以下のものが有効になっています。キャッシュ系のプラグインはない認識です。

Akismet Version 2.5.7
All In One SEO Pack Version 2.0.1
Broken Link Checker Version 1.7.1
Calendar Category Version 1.0.1
Contact Form 7 Version 3.4.1
Custom Field Template Version 2.1.5
Google Analytics for WordPress Version 4.3.3
Google XML Sitemaps Version 3.2.9
Portfolio Post Type Version 0.4
WP-PageNavi Version 2.83

はい、pagedは以下のように初期化しています。

$paged = get_query_var(‘paged’) ? get_query_var(‘paged’) : 1;

また、’post_category’という指定は有効のようで、他画面でget_postsしている個所でも同じ指定方法を取っているのですが、想定通りの挙動をしています。