今後のために解決方法を記しておきます。
1.ダッシュボードの一般設定で「Wordpressアドレス」と「サイトアドレス」の両方を「http://○○○.net」に変更し、「変更を保存」を押す。(変更するとログイン画面に飛び、ログインしてもログイン画面に戻るような状態になるが問題ない)
2.ロリポップの管理ページの「独自ドメイン」で、「http://○○○.net」の公開(アップロード)フォルダを「main/main」に変更し、更新ボタンを押す。
これを実行して1時間放置したところ、無事解決しました。
ロリポップのサポートに問い合わせて、担当者の指示の通りの操作を実行したところ解決しました。
お騒がせして申し訳ありませんでした。
該当項目を削除したところ、エラーファイルが消えてカスタムヘッダー、メディアライブラリ共に正常に戻りました。
アドバイスをいただきありがとうございました。
間違って途中で送信してしまいました。
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