私もこの症状に悩んでおり、先程解決しましたので参考にして下さい。
解消にはソースコードを触りますので自己責任でお願いします。
Ktai Entry¥inc¥post.phpの1098行目の
$content = preg_replace($regex, $html, $content, 1, $replaced);
を
$content = preg_replace($regex, $html, $content, -1, $replaced);
に変更して下さい。
これで複数使用しても2個目もデコメ絵文字が出ると思います。