au1000

どなたかおわかりになりませんでしょうか？

＞＞wizfreekさん

ありがとうございます。
display:none;だけでは解決しませんでしたが
ヒントを元に下記参考ページの対処法で切り抜けました。

■参考ページ
http://ozpa-h4.com/2012/07/11/slidebar-uhoxtu-yoi-ugoki/

CSSでスライド部分をdisplay: none;

#example {
	display: none;
}

これでは見ない状態のままでしたので
記事を元にslider.setup.jsに$(‘#example’).fadeIn(1500);を追加

slider.setup.js記述

jQuery(document).ready(function($) {
	$('#flexImg').fadeIn(1500);
    $('.flexslider').flexslider({
 		  slideshow: true,
		  slideshowSpeed: 5000,
		  animationDuration: 600,
		  pauseOnAction: false,
    });
  });

以上でなんとか、ふわっとスライダーが出るようになりました。
もっとスマートな対処法があったらお願いいたします。
一応、解決いたしましたのでこちらはクローズとさせていただきます。

＞＞mypacecreatorさん

ありがとうございます。
loop-pagenav.phpは仰る通りです。
上部に記載したYuriko.netさんのページネーションがそのまま入っています。

rewrite関係ですが、.htaccessにリダイレクト処理（この処理）を行ったいましたので
その処理もデフォルトに戻し、試しましたが駄目でした。

サポートからもパーマリンクと.htaccessの設定をご確認くださいと回答がありましたが
他になにもないようですので、どうしようもない状況です。

念の為、.htaccessも記載します。

# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>
# END WordPress

もう少し調べます。

>>mypacecreator　さん

ありがとうございます。
お教えいただいた通り、階層を分けコードをすっきりさせました。
その後、my_result_count();の箇所を削除しましたが
やはり、２ページ目の送りが404となってしまいます。

有償ですが、ベースはここのコードのようで特に特別な処理はないようです。

function.phpでも抵触するような処理はないと思います。
サポートとに問い合わせる傍ら、もう少し調べてみます。

念の為、コードも載せておきます。

<?php get_header(); ?>

<div id="contents" class="clearfix">
	<div id="main">
        <h2 class="pagetitle">カテゴリー：『<?php single_tag_title( ); ?>』 の投稿一覧</h2>

        <?php while (have_posts()) : the_post(); ?>

                <h3 id="post-<?php the_ID(); ?>"><a href="<?php the_permalink() ?>"><?php the_title(); ?></a></h3>
 <div class="sectionBorder2"><div id="archive_meta"><ul>
<li><span class="date post_calendar"><?php the_time('Y年m月d日') ?></span><span class="post_category"><?php the_category(', '); ?></span>
<span class="post_tag"><?php the_tags('', ', '); ?></span>
<span class="post_comments"><a href="<?php comments_link(); ?>"><?php comments_number('コメント0件', 'コメント1件', 'コメント%件');?></a></span>
<?php if ( is_user_logged_in() == TRUE ) : edit_post_link('編集', '<span class="edit-link">[ ', ' ]</span>');endif ?>
</li>
</ul></div>
                  <?php the_content() ?></div>
        <?php endwhile; ?>

<?php get_template_part('loop-pagenav'); ?>

	</div>

	<?php get_sidebar(); ?>

<?php get_footer(); ?>

>>mypacecreator さん

archive.phpのコードは以下になります。

<?php get_header(); ?>

<div id="contents" class="clearfix">
	<div id="main">

<!-- if 投稿が存在するかを確認する条件文 *1 -->
        <?php if (have_posts()) : ?>

<!-- 投稿一覧の最初を取得 -->
       <?php $post = $posts[0]; // Hack. Set $post so that the_date() works. ?>
<!-- カテゴリーアーカイブの場合 *2 -->
       <?php /* If this is a category archive */ if (is_category()) { ?>
<!-- カテゴリー名を表示 -->
        <h2 class="pagetitle"><?php printf(__(' ‘%s’ 投稿一覧', 'kubrick'), single_cat_title('', false)); ?>　<?php
if ( have_posts() ) :
  my_result_count();  // ここで表示
  while ( have_posts() ) :
    the_post();
    /* do stuff */
  endwhile;
else :
  /* Nothing Found */
endif; ?></h2>
<!-- タグアーカイブの場合 *2 -->
       <?php /* If this is a tag archive */ } elseif( is_tag() ) { ?>
<!-- タグ名を表示 -->
        <h2 class="pagetitle"><?php printf(__('Posts Tagged ‘%s’', 'kubrick'), single_tag_title('', false) ); ?>　<?php
if ( have_posts() ) :
  my_result_count();  // ここで表示
  while ( have_posts() ) :
    the_post();
    /* do stuff */
  endwhile;
else :
  /* Nothing Found */
endif; ?></h2>
<!-- 日別アーカイブの場合 *2 -->
       <?php /* If this is a daily archive */ } elseif (is_day()) { ?>
<!-- 年月日を表示 -->
        <h2 class="pagetitle"><?php printf(_c(' %s|Daily archive page', 'kubrick'), get_the_time(__('Y年 F jS', 'kubrick'))); ?>　<?php
if ( have_posts() ) :
  my_result_count();  // ここで表示
  while ( have_posts() ) :
    the_post();
    /* do stuff */
  endwhile;
else :
  /* Nothing Found */
endif; ?></h2>
<!-- 月別アーカイブの場合 *2 -->
       <?php /* If this is a monthly archive */ } elseif (is_month()) { ?>
<!-- 年月を表示 -->
        <h2 class="pagetitle"><?php printf(_c(' %s|Monthly archive page', 'kubrick'), get_the_time(__('Y年 F', 'kubrick'))); ?>　<?php
if ( have_posts() ) :
  my_result_count();  // ここで表示
  while ( have_posts() ) :
    the_post();
    /* do stuff */
  endwhile;
else :
  /* Nothing Found */
endif; ?></h2>
<!-- 年別アーカイブの場合 *2 -->
       <?php /* If this is a yearly archive */ } elseif (is_year()) { ?>
<!-- 年を表示 -->
        <h2 class="pagetitle"><?php printf(_c('Archive for %s|Yearly archive page', 'kubrick'), get_the_time(__('Y', 'kubrick'))); ?>　<?php
if ( have_posts() ) :
  my_result_count();  // ここで表示
  while ( have_posts() ) :
    the_post();
    /* do stuff */
  endwhile;
else :
  /* Nothing Found */
endif; ?></h2>
<!-- 著者アーカイブの場合 *2 -->
      <?php /* If this is an author archive */ } elseif (is_author()) { ?>
<!-- 著者を表示 -->
        <h2 class="pagetitle"><?php _e('Author Archive', 'kubrick'); ?>　<?php
if ( have_posts() ) :
  my_result_count();  // ここで表示
  while ( have_posts() ) :
    the_post();
    /* do stuff */
  endwhile;
else :
  /* Nothing Found */
endif; ?></h2>
<!-- 複数ページになるアーカイブの場合 *2 -->
       <?php /* If this is a paged archive */ } elseif (isset($_GET['paged']) && !empty($_GET['paged'])) { ?>
<!-- ブログアーカイブを表示 -->
        <h2 class="pagetitle"><?php _e('Blog Archives', 'kubrick'); ?>　<?php
if ( have_posts() ) :
  my_result_count();  // ここで表示
  while ( have_posts() ) :
    the_post();
    /* do stuff */
  endwhile;
else :
  /* Nothing Found */
endif; ?></h2>
<!-- *2 の終了 -->
       <?php } ?>

<!-- 投稿データを取得するループ *3 -->
        <?php while (have_posts()) : the_post(); ?>
<!-- the_ID() は 記事の ID -->
<!-- the_permalink() は 記事の URL -->
<!-- the_title_() は 記事のタイトル出力 -->
                <h3 id="post-<?php the_ID(); ?>"><a href="<?php the_permalink() ?>"><?php the_title(); ?></a></h3>
<!-- 年月日を表示 -->
 <div class="sectionBorder2"><div id="archive_meta"><ul>
<li><span class="date post_calendar"><?php the_time('Y年m月d日') ?></span><span class="post_category"><?php
foreach((get_the_category()) as $cat) {
$cat_id = $cat->cat_ID ;
break ;
}
$category_link = get_category_link( $cat_id );
?>
<a href="<?php echo $category_link; ?>" title="<?php echo $cat->cat_name; ?>"><?php echo $cat->cat_name; ?></a></span>
<span class="post_comments"><a href="<?php comments_link(); ?>"><?php comments_number('コメント0件', 'コメント1件', 'コメント%件');?></a></span>
<?php if ( is_user_logged_in() == TRUE ) : edit_post_link('編集', '<span class="edit-link">[ ', ' ]</span>');endif ?>
</li>
</ul></div>

<!-- the_content() は 本文を表示する -->
                  <?php the_content() ?></div>
<!-- the_tags() は タグを表示する -->
<!-- get_the_category_list() は カテゴリを表示する : the_category() の別名? -->
<!-- edit_post_link() は 投稿を編集するためのリンクを表示する (ログイン中のみ) -->
<!-- comments_popup_link() はコメントをポップアップ表示する -->
                <!--<div id="date"><?php the_tags(__('Tags:', 'kubrick'), ', ', '<br />'); ?> <?php printf(__('Posted in %s', 'kubrick'), get_the_category_list(', ')); ?> | <?php edit_post_link(__('Edit', 'kubrick'), '', ' | '); ?>  <?php comments_popup_link(__('No Comments »', 'kubrick'), __('1 Comment »', 'kubrick'), __('% Comments »', 'kubrick'), '', __('Comments Closed', 'kubrick') ); ?><br /><br /></div>-->

<!-- *3 の終わり -->
        <?php endwhile; ?>

<!-- ページナビを表示 -->
<div class="tablenav"><?php global $wp_rewrite;
$paginate_base = get_pagenum_link(1);
if (strpos($paginate_base, '?') || ! $wp_rewrite->using_permalinks()) {
	$paginate_format = '';
	$paginate_base = add_query_arg('paged', '%#%');
} else {
	$paginate_format = (substr($paginate_base, -1 ,1) == '/' ? '' : '/') .
	user_trailingslashit('page/%#%/', 'paged');;
	$paginate_base .= '%_%';
}
echo paginate_links( array(
	'base' => $paginate_base,
	'format' => $paginate_format,
	'total' => $wp_query->max_num_pages,
	'mid_size' => 5,
	'current' => ($paged ? $paged : 1),
)); ?></div>
<!-- *1 が成り立たない場合 -->
    <?php else :
        if ( is_category() ) { // If this is a category archive
            printf("<h2 class='center'>".__("Sorry, but there aren't any posts in the %s category yet.", 'kubrick').'</h2>', single_cat_title('',false));
        } else if ( is_date() ) { // If this is a date archive
            echo('<h2>'.__("Sorry, but there aren't any posts with this date.", 'kubrick').'</h2>');
        } else if ( is_author() ) { // If this is a category archive
            $userdata = get_userdatabylogin(get_query_var('author_name'));
            printf("<h2 class='center'>".__("Sorry, but there aren't any posts by %s yet.", 'kubrick')."</h2>", $userdata->display_name);
        } else {
            echo("<h2 class='center'>".__('No posts found.', 'kubrick').'</h2>');
        }
      get_search_form();
    endif;
?>

	</div>
	<!-- / メイン -->

	<?php get_sidebar(); ?>

<?php get_footer(); ?>

どうぞよろしくお願いいたします。

＞＞gatespaceさん
上記のカスタム投稿タイプの情報ですが、間違っておりました。正しくは以下です。

・カスタム投稿タイプ　：「book」
・タクソノミー　：「book_cat」
・ターム　：「nonfiction」「fiction」など

この設定で
http://ドメイン/book/nonfiction/　へアクセスすると
nonfiction（ターム）のアーカイブが表示されるようにしたいです。
テンプレートはarchive-book.phpの内容を元に作成したいと考えています。

word pressはローカルではなく、レンタルサーバーに置いています。