やはりプラグイン自体のバグだったようで3.0.2で修正され、最新の3.0.3でも問題ない事を確認しました。
今回は割と早い修正だったのでよかったです。
Yoast SEOを使っている方で同じ不具合が出ている方は参考にしていただければと思います。
先ほど見たらYoast SEOバージョン 3.0.1が出ていたのでアップデートしてみましたが、やはりまだ不具合は修正されていませんでした。
一部訂正します
2.3.5と3.0でどの部分がボタンを非表示にしてしまうのか
正しくは、
『2.3.5と比較して、3.0でどの部分がボタンを非表示にしてしまうのか見当もつきません。』です。
使っているテーマもURLの提示もされていらっしゃらないので、どの部分が優先されて装飾できないのか맹조さんにも誰にもわからないというか、答えようがないと思います。
サイトアドレスを公開したくないのであれば、ご自身でデベロッパーツールなどで確認するしかないのではないでしょうか。
CSS 優先度 などで検索すればやり方はたくさんでてきますよ。