自己解決しました。
search.phpのメインループの前に以下のコードを配置したところ、正常に動くようになりました。
<?php
global $query_string;
query_posts($query_string . "&post_type=post");
?>
原因が判明いたしました。一般設定＞サイトアドレス (URL)の設定において初歩的なミスを犯していたようです。あちこちいじりまわし再インストールを繰り返しているうちに気が付きました。
（修正前）
WordPress アドレス (URL) http://example.net/wordpress/
サイトアドレス (URL) http://www.example.net/
先程までは上記のように設定を行なっていました。
（修正後）
WordPress アドレス (URL) http://www.example.net/wordpress/
サイトアドレス (URL) http://www.example.net/
それを上記のように変更したところ、通知の表示がなくなりました。非常につたないミスが原因だったようで恥ずかしい限りですが、不安は解消されました。これからはもっと全体をも注意して確認していこうと思います。
回答をくださったTakuro Hishikawaさん、お世話になりました。ありがとうございました。
Takuro Hishikawaさん
ご返信ありがとうございます。
おそらく.htaccessの内容が間違っています。※1の.htaccessを※2の.htaccessの上書きして、※1の位置には.htaccessを置かなくて良いと思います。
上記のように変更いたしましたが、やはり.htaccessを更新する必要～の通知が表示されてしまいます。パーマリンクの設定自体はきちんと働いているようなので、もしかするとこの通知は無視しても構わないものなのかとも悩みますが、通知が出ている以上はどこかに異変があるのかもしれないとやはり不安に思ってしまいます。他に手立てはあるでしょうか。
