coz

説明不足でした。申し訳ございません。
カスタム投稿タイプの中に店舗情報を投稿してその中でキャンペーン情報をいれている感じです。ですので店舗情報とキャンペーン情報はセットの状態がベストです。
それと検索機能は必要なく、ただ一覧で表示した際の順序を変更したいということです。

皆様お騒がせしました、治りました。。。

固定ページのほうでは商品を全表示するため、「該当無し」の設定を行っていなかったのですが、商品のアーカイブページにはelse文でnot foundの設定が書いてあったのでその部分まで全てループを一緒にしたら治りました。

皆様には共有していなかった部分に原因があったようで本当にご迷惑をおかけしてしまい申し訳なく思っています。

ありがとうございました。

mogueさんコードまで記載頂いてありがとうございます。

一応同じレイアウトで同じCSSで綺麗に表示されているカテゴリーページと、崩れている固定ページの要素の数値をデベロッパーツールで全て見比べましたが数値は同じでした。

皆様CSSをご指摘されてますが、どうしても気になるのは吐き出されている数値が同じで崩れていることです、例えばデベロッパーツールでmarginが0になっていたとしてもwordpressやwelcart側で上書きされていたら反映はされてないけどmarginが入ってるということなんですか？

回答ありがとうございます。

まずコメントアウトした場合投稿や画像の一覧は表示されない状態でページングだけ表示されて2ページ目に行くと上記のアドレス【/?author=1&paged=2】に飛んで404は表示されませんでした。

さらに表示したいのは投稿ではなくメディアライブラリの画像なので投稿をすべて消して再度表示するとページングもなくなりました。

nobitaさん回答ありがとうございます。

同じようにmarginを入れてるところも旨く動いてましたし、問題の箇所も変更してみましたがダメでした。。。

.span_2, .top_nav_l, .links, .new_item, .cat, .items {
    width: 32.1333%;
    padding: 0px 0.6%;
    margin-left: 1.8%;
}
.col {
    margin-left: 1.8%;
    padding: 0px 0.6%;
}
.new_item {
    margin-bottom: 3.75%;
    text-align: center;
}
.col {
    border: 0px solid transparent;
    float: left;
    box-sizing: border-box;
    background-clip: padding-box !important;
}
html, body, div, span, applet, object, iframe, h1, h2, h3, h4, h5, h6, p, blockquote, pre, a, abbr, acronym, address, big, cite, code, del, dfn, em, img, ins, kbd, q, s, samp, small, strike, strong, sub, sup, tt, var, b, u, i, center, dl, dt, dd, ol, ul, li, fieldset, form, label, legend, table, caption, tbody, tfoot, thead, tr, th, td, article, aside, canvas, details, embed, figure, figcaption, footer, header, hgroup, menu, nav, output, ruby, section, summary, time, mark, audio, video {
    margin: 0px;
    padding: 0px;
    border: 0px none;
    font-style: normal;
    font-weight: normal;
    font-size: 100%;
    vertical-align: baseline;
}
.body_wrap {
    text-align: left;
}
html {
    color: #1F1D1D;
    font-size: 10px;
    line-height: 2;
    font-family: "Alte DIN 1451 Mittelschrift";
    font-weight: lighter;
}

該当部分に適応されてるのは以上のCSSです。

class名がwelcart側と重複しないように一旦すべて変更してみましたがダメでした。
welcart以外のプラグインを停止しても結果は同じでした。

一応marginやpaddingなど隙間が出来そうな要素は入ってない状態で、何も無いのにずれている状態なんですがそれでもやっぱり疑わしいのはCSSでしょうか？

回答ありがとうございます。
テーマはオリジナルで制作したものです、CSSは全て同じものを読み込んでますがwelcrt側でなにか適応されてるかは詳しく確認してなかったです。
確認してみます。