おっと、書いている間に解決しそうとのことで、
原因がわかって何よりです。
それでは！
まず、問題を切り分ける必要があります。
１．アクセスできなくなったサイトを含むサーバへFFFTPなどのソフトで接続することはできますか？
・Yesなら次へ
・Noならサーバ側になんらかの問題が発生しています。
サーバの管理会社へ問い合わせてください。
２．お使いのPCで下記HTMLを作成し、test.htmlという名前で保存してください。
このファイルを表示されないWebサイトのトップページにあたるディレクトリにFFFTP等のソフトでアップロードしてください。
<html>
<body>
<p>test</p>
</body>
</html>
３．ブラウザで、http://表示されないドメイン/test.html へアクセスしてください。
ブラウザ上にtestと表示されましたか？
・Yesなら次へ
・Noなら
Apacheに問題があるか、DNSに問題があるか、
ドメインが何らかの原因で使えなくなっている可能性があります。
いったんこの場合については保留します。
４．お使いのPCで下記HTMLを作成し、test2.phpという名前で保存してください。
このファイルを表示されないWebサイトのトップページにあたるディレクトリにFFFTP等のソフトでアップロードしてください。
<?
phpinfo();
?>
５．ブラウザで、http://表示されないドメイン/test2.php へアクセスしてください。
ブラウザ上にPHPに関するパラメータ情報が表示されましたか？
まずはここまでです。
５がNoなら、Apache側に問題がありそうですので、サーバ管理会社に問い合わせる必要があります。
