私も同様の問題で悩んでいました。
テーマを変えてみたら正常に動作したので
原因を探ったところ
wp-content/themas/テーマ名/functions.php
にある以下の記述が原因でした。
//Google jQuery
function google_jQuery(){
wp_deregister_script('jquery');
wp_enqueue_script('jquery',
'http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.7.0/jquery.min.js');
}
add_action('init','google_jQuery');
同様にsingle.phpの存在が無視される症状になりました。
php-webさんの意見を参考にして解決しました。
パーマリンクの最後に半角スペースを入れていたのが原因です。
例: ○カスタム構造 /%post_id% （ 右側%の次に半角スペース )
