ご質問拝見いたしました。
同じ現象を昨日体験しました。
.htaccessの問題ではなく、管理者のダッシュボードにてWordPress MU Domain Mapping のインストールと設定が必要なんだと思います。
参考サイト：http://wpgogo.com/customize/wordpress-multisite-multiple-domains.html
上記サイトはWPのバージョンが古いし記述の問題（サイト上で表示されているdefine( ‘SUNRISE’, ‘on’ );はアポストロフィが全角文字）もありますが、そのへんを正しく設定すれば最新の3.5.1で問題ありませんでした。
一度お試しください。
自己解決済み
単純ミスでした。独自ドメインでマルチサイト化する際に「サブドメイン」ではなくサブディレクトリにしたため二つ目のサイトのリンクが１つ目のサイトに強制移動させられていました。
一旦サブディレクトリーでネットワークを構築するとDB（MySQL）をいじらないと元に戻らなくなりWPを入れ直ししました。大手術でしたが最新版WP3.5.1で無事マルチドメインかできました。
参考にさせて頂いたサイトです。
http://wpgogo.com/customize/wordpress-multisite-multiple-domains.html
この記事は2010年8月でバージョンもWP3.0ですが、最新の3.5でも問題いありませんでした。
その後のトラブルとしては、二つ目の管理画面にログインできない問題も発生しましたが、ロリポップには「WordPress MU Domain Mapping のインストール」が必要ということも分かりました。
この質問を閲覧していただきご回答にご努力いただいた方に感謝申し上げます。
また宜しくお願い致します。
