lilyfan様
早速のお返事ありがとうございます。
今回の件に関しては .htaccess のみを触っておりますので、パーミッションが変更になるということは考えがたく、よってご指摘の通り .htaccess の書き方に問題があるのかなと思います。
前述の通りCPIでは.htaccess にPHPのバージョンを指定して稼動させる事が出来ます
（例：PHP4.4.9で稼動させる場合）
AddHandler x-httpd-php449 .php
拡張子は「.php」としておりますのでご指摘の様に
ファイルを読み込むときのパスが通らなくなるということはないのかなと思います。
CPIではPHPバージョンの
4.4.7
4.4.9
5.2.4
5.2.8
が使えるとのことで
AddHandler x-httpd-php449 .php
や
AddHandler x-httpd-php447 .php
は、通るのですが
php 5.x の指定を行うとインストール画面に移動してしまうのです
（例：PHP5.2.4で稼動させる場合）
AddHandler x-httpd-php524 .php
総合して考えるとWordPressをPHP5.xの環境でうまく動かせていないということのようですので、一度別ディレクトリに初めからPHP5.xの設定で別途イントールして検証してみようと思います。
また解決いたしましたらご報告させていただきたいと思いますが
もし参考になる情報などありましたら引き続きご教授いただければと思っておりますので
何卒よろしくお願いいたします。
服部
