私も同じ現象で悩みました。
.htaccess内の記述を変更することで動作が可能となりました。
パーマネントリンクの設定を行うと自動で
.htaccessが書き換わらなかったのはまた解決しておりませんが、、、
http://ameblo.jp/bear666/entry-11493176009.html
を参照にさせてもらい
RewriteRule ^index\.php$ – [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
の記述を追記しました
