数字、日付ベースでは正しく表示されます。htaccessは有効です。少し進展がありました。
ssl.confのDocumentRootは「/var/www/html/」にしていました。
サーバーにはバーチャルホストの設定をしてあり、今までのDocumentRootは「/var/www/◯◯◯/public_html」でした。よって、ssl.confのDocumentRootも同じ記載をしました。
そうすると、上記の現象が起きました。
そこで、ssl.confのDocumentRootを「/var/www/html/」に戻し、そこにWordPressをインストールしてみたところ、カスタム構造を使っても問題なく表示されました。
やはりhtaccessの設定に問題があるのでしょうか。。