ifnoob

手間かかりましたが良かったです。
リセットプラグイン無料版の場合項目は細かく設定が出来ないようで、その場合Pro版の方と思います。
原因は利用予定のテーマの可能性もあるかも知れませんで、WooCommerce標準テーマStorefrontは削除せず、問題発生時確認として残しておいて下さい。

> 商品パーマリンクが選べないのも変わらず。
選択が出来ない??。

では少し面倒ですが、WooCommerce標準テーマ Storefront に一度変更してみて下さい。
https://ja.wordpress.org/themes/storefront/
こちらで同じ様な症状があれば、WordPress本体に何か問題が発生しているかと思います。

WooCommerce > ステータス > ツール にある一連にある注意書き以外項目を実行し、もう一度パーマリンク構造を変更してどうでしょうか?。

プラグイン新規インストールより、WooCommerce PDFで検索で出るプラグインでは?。

wp-cong.sys内にdebug logを残す記載をし、/wp-content/debug.log Errorを見る。
define(‘WP_DEBUG’, true);
define(‘WP_DEBUG_LOG’, true);

// 価格表示
add_filter( 'wc_round_tax_total', 'fix_wc_round_tax', 10, 4 );
function fix_wc_round_tax( $rounded_tax, $value, $precision, $WC_TAX_ROUNDING_MODE ){
    return floor($rounded_tax);
}
// 税率表示
add_filter( 'wc_round_tax_total', 'fix_wc_round_tax_value', 10, 4 );
function fix_wc_round_tax_value( $rounded_tax, $value, $precision, $WC_TAX_ROUNDING_MODE ){
    return floor($value);
}

上記の custom code にて切り捨て可能ですが、カートページとチェックアウトページのみ確認。

エラー部として、多言語polylangプラグインが内部的のエラーだと思われます。
一度このプラグインをOFFにして様子見でしょうか。

サイトヘルスの値ですが、値が少なすぎる様でそれが原因しているかと思われます。
PHP 最大入力変数 (max input variables) 1000 <- 少な過ぎます。3000以上程までアップ
PHP タイムリミット 30 <- 180 までアップ
PHP メモリ上限 128M <- 512MB までアップ
PHPメモリ制限 (管理画面のみ) 256M <- ↑同上

Avadaテーマ利用の様ですので、以下本家(英)の How To を参考に下ください。
https://theme-fusion.com/documentation/avada/installation-maintenance/how-to-adjust-system-status-limits/
英語は分かりにくい場合、Google検索で、PHP Max Input Varsとかで検索

尚、ホスティング側で設定出来ない場合は諦めるしかありません。

WooCommerceメニューのステータスのツール各項目を実行してはどうでしょうか?。
各項目実行は、あくまでDBバックアップ後です。
暫定的な WooCommerce
期限切れのトランジェント
親が存在しないバリエーション
商品ルックアップテーブル
テンプレートキャッシュをクリア

その後、同じような症状がでる場合、WooCommerceはErrorがある場合のログを吐き出していいますので、
タブのログ項目のErrorの確認です。