ikaring

get_blog_statusが使えますかね。

過去スレッド
https://ja.forums.wordpress.org/topic/4810?replies=7

list-positionやnetwork-listはハイフンですが、list_numberはアンダースコアになっていますが、そのあたり打ち間違いとかないですかね？

ノーチェックですが、こんな感じじゃないですかね。
list_numberは数字が入っているならmeta_value_numを使ったほうがよさそうです。

$args = array(
	'post_type' => 'store',
	'tax_query' => array(
		array(
			'taxonomy' => 'network-list',
			'field' => 'slug',
			'terms' => 'newyork'
		)
	),
	'order' => 'ASC',
	'orderby' => 'meta_value',
	'meta_value_num' => 'list_number',
	'meta_query' => array(
		array(
			'key' => 'list-position',
			'value' => 'left'
		)
	)
);
$the_query = new WP_Query( $args );

「プレフィックスを切る」というのは1つのデータベースに、たとえばwp1_とwp2_というプレフィックスをそれぞれつけて複数のWordPressをインストールしたということではないですか？
それでWordPressをwp1とwp2のディレクトリにそれぞれインストールしているのであれば、それぞれに独自ドメインを設定することは問題ないのではないでしょうか？

私もお客さまのギャラリーをカスタマイズした際などに気になっていたところですので、調べました。
下記Gistご参照ください。

https://gist.github.com/Ikaring/69dbc55b8e75779d23ef

デフォルト値の設定は2箇所あって、ひとつがmedia-editor.js、ひとつがmedia.phpのgalleryショートコードの中になります。
前者が管理画面に影響し、後者が公開データに影響します。
デフォルト値が設定されている場合にはショートコードにcolumnsの属性が記述されないために、どちらか片方だけデフォルト値を変えると、管理画面では4列なのに公開ページでは3列みたいなことになってしまいました。

jsの値の上書きはprint_media_templatesアクションフックからjQueryを使用しています。

galleryショートコードはpost_galleryフィルターが用意されていますので、ほぼ丸々galleryショートコードをコピペして、カラムの設定値を4にしている感じです。

未確認ですが、こちらのコードをfunctions.phpに入れたらいけるかもです。
16、17行目を必要に応じて設定（or削除）されると良いかと思います。

https://gist.github.com/mjsdiaz/7204576

そもそものところquery_postsはあまり推奨されていませんので、他の方法を使いましょうか。
（参考まで　http://wpdocs.sourceforge.jp/関数リファレンス/query_posts）

ほぼコピペでいけて簡単ですので、WP_Queryを使ったループに置き換えてみてください。
ループの中のコードはちゃんと確認していませんが、たぶんそのままコピペで良いかと思います。

<?php

$args = array(
  'meta_key'=>'t_date',
  'orderby' => 'meta_value',
  'order' => 'DESC',
  'posts_per_page' => 12
);

// クエリ
$the_query = new WP_Query( $args );

// ループ
while ( $the_query->have_posts() ) : $the_query->the_post();
?>

  //ループの内容をコピペ
  <div class="post">
    ...
  </div><!-- /post -->

<?php endwhile;

// 投稿データをリセット
wp_reset_postdata();
?>