ITAYA

>kvexさま

何度も何度もありがとうございます。

ご指摘の通り試行錯誤してみましたが、
やはりカテゴリページに行くと4件目以降のレイアウトが反映されます。

こんな感じです。
トップページはhome.phpでloop_home.phpを読み出し。
（これでトップページは希望通りの表示でOK!）
カテゴリページはarchive.phpでloop.phpを読み出し。

archive.phpをこうしました。

<?php get_header(); ?>
<div class="content-title">
<?php $paged = (get_query_var('paged')) ? get_query_var('paged') : 1; ?>
    <?php $post = $posts[0]; // Hack. Set $post so that the_date() works. ?>
        <?php /* If this is a category archive */ if (is_category()) { ?>
        <?php printf(__('%s'), single_cat_title('', false)); ?>
        <?php /* If this is a tag archive */ } elseif( is_tag() ) { ?>
        <?php printf(__('Posts tagged &quot;%s&quot;'), single_tag_title('', false) ); ?>
        <?php /* If this is a daily archive */ } elseif (is_day()) { ?>
        <?php printf(_c('Daily archive %s'), get_the_time(__('M j, Y'))); ?>
        <?php /* If this is a monthly archive */ } elseif (is_month()) { ?>
        <?php printf(_c('Monthly archive %s'), get_the_time(__('F, Y'))); ?>
        <?php /* If this is a yearly archive */ } elseif (is_year()) { ?>
        <?php printf(_c('Yearly archive %s'), get_the_time(__('Y'))); ?>
        <?php /* If this is an author archive */ } elseif (is_author()) { ?>
        <?php _e('Author Archive'); ?>
        <?php /* If this is a paged archive */ } elseif (isset($_GET['paged']) && !empty($_GET['paged'])) { ?>
        <?php _e('Blog Archives'); ?>
        <?php } ?>
    <a href="javascript: void(0);" id="mode"<?php if ($_COOKIE['mode'] == 'grid') echo ' class="flip"'; ?>></a>
</div>
<?php get_template_part('loop'); ?>
<?php get_template_part('pagination'); ?>
<?php get_footer(); ?>

loop.phpのソースはloop_home.phpと同一です。

自分、なにか筋違いなことしてるのかしら？

>kvexさん

教えて頂いた通りのコードで検証してみましたが、
コンテンツ自体が表示されなくなってしまいました。
どこか記載ミスがありますでしょうか？

loop.phpはこの通りです。

<?php if ( have_posts() ) : ?>
<?php $cnt = 0; ?>
<div id="loop" class="<?php if ($_COOKIE['mode'] == 'grid') echo 'grid'; else echo 'list'; ?> clear">
<?php while ( have_posts() ) : the_post(); ?>
<?php if($pages == 1 && $cnt < 4 ) : ?>
<div <?php post_class('post clear'); ?> id="post_<?php the_ID(); ?>">
<?php if ( has_post_thumbnail() ) :?>
<a href="<?php the_permalink() ?>" class="thumb"><?php the_post_thumbnail('thumbnail', array(
 'alt'	=> trim(strip_tags( $post->post_title )),
 'title'	=> trim(strip_tags( $post->post_title )),)); ?></a>
 <?php endif; ?>
<div class="post-category"><?php the_category(' / '); ?></div>
<h2><a href="<?php the_permalink() ?>"><?php the_title(); ?></a></h2>
<div class="post-content"><?php if (function_exists('smart_excerpt')) smart_excerpt(get_the_excerpt(), 20); ?></div>
</div>

<?php $cnt++; ?>
<?php else : ?>

<?php endif; ?>
<?php endwhile; ?>
</div>
<?php endif; ?>

>kvexさん

お返事遅くなって申し訳ございません。

上記を参考にやってみたのですが、
そもそも根本的な部分を理解していない為か上手く行きませんでした。

そこで色々調べた結果なんとか目的の状態になりました！

僕の考え方はこうです／
まず、index.php内にloopを2つ作りました。
（これは、最新記事4件までと、それ以前の記事のレイアウトを変えたい為です。）
<!– LOOP1 –> <!– LOOP2 –>といった具合です。

それぞれに

<!-- LOOP1 -->
<?php query_posts('posts_per_page=4'); ?>
<!-- LOOP2 -->
<?php query_posts('posts_per_page=8&offset=4'); ?>

を記載し、offsetで処理してみました。
正直これが正解なのかどうか分かりませんが・・・。

しかしこれをすると、カテゴリページに飛んだ時カテゴリが反映されなくなりました。
もうぐちゃぐちゃ、一から考え直そうとおもいます。