Kite

style.css 31行目の記述間違いです。

body{margin:0px;padding:0;-webkit-text-size-adjust:none;font:10px/23px "ヒラギノ角ゴ Pro W3','Hiragino Kaku Gothic Pro','MS Ｐゴシック','MS PGothic','メイリオ','Meiryo',sans-serif;color:#333;}

“ヒラギノ角ゴ Pro W3’の開始がダブルクォーテーション、閉じがシングルになっていますので、どちらかに統一してください。

「参考にしたサイト：http://ja.forums.wordpress.org/」と入力したとき、
<a href="http://ja.forums.wordpress.org/">参考にしたサイト</a>
というソースを生成する仕組みを話しておきます。

まず、入力した内容から正規表現で「http://」か「https://」とその後に続くURLの文字列を見つけて抽出し、それをaタグのhrefに入れる。その前の部分を「参考にしたサイト」の部分に入れる、後ろの「：」を出したくないならその前に弾いておく。

ただし、URLに日本語が入っていると動かないので、その場合はURLを検索する前に一度エンコードし、hrefに入れる前にもう一度デコードする。

さらに、「http(s)://」を変なところにつけてしまうとそれがURLとして認識されてしまう可能性があるし、「http(s)://」がないと動かないので相対パスでの記入は不可能。

しかしフィールドを2つにすれば上記のことは一切しなくていいです。
日本語URLにも対応しますし、相対パスの記入もOK。

運用上入力ミスは必ずと言っていいほどありますので、手間をかけてリスクを取るメリットはどこにもありません。初心者であるならなおさらです。

hissyさんが提示してくれたサイトのコードが理解できないなら使用するべきではありません。
理解して使用するなら止めません。

理解していないことをそのまま教えてもらっても問題が起きた時は自分で解決できない。
その時はまたここのフォーラムで聞きますか？

であれば上記で提示しました2つ目の方法でフィールドを2つに分けましょう。
「参考サイト」の部分が変わるようでしたらなおさらです。
URLはURLのみで入力するのが理想です。

おそらく貼り付けの際にコードがおかしくなっていますので、一度コードを全部削除して、「code」ボタンを使って新たに貼り付けてしてください。

コードを記載する場合はなるべく「code」ボタンを使ってください。

フィールドタイプはテキストですか？
「参考にしたサイト」の部分は毎回手入力ですか？
毎回同じですか？例えば「関連サイト」とかになったりしませんか？

色々と情報不足の部分がありますが、状況からの推測で答えさせていただきます。

文字列の検索や置き換えなどでできなくはないですが、入力間違いをする可能性がありますし、無駄な処理なので、「参考にしたサイト」とURL部分を分けてください。

「参考にしたサイト」が毎回同じなら、フィールドラベルを「参考にしたサイト」にし、フィールドにはURLのみを入力してください。

この場合のコード

<div class="sample">
<?php if(get_field('sample', $post->ID)): ?>
    <p class="fonttitle">タイトル</p>
    <p><a href="<?php the_field('sample', $post->ID); ?>">参考にしたサイト</a></p>
<?php endif; ?>
</div>

「参考にしたサイト」が変わる場合は別にフィールドを用意してください。
例）フィールドラベル：リンクタイプ／フィールド名：link-type

この場合のコード

<div class="sample">
<?php if(get_field('sample', $post->ID)): ?>
    <p class="fonttitle">タイトル</p>
    <p><a href="<?php the_field('sample', $post->ID); ?>"><?php the_field('link-type', $post->ID); ?></a></p>
<?php endif; ?>
</div>

なお、ご提示のコードに合わせてタイトルをif文の中に入れておりますので、URLを入力していない場合タイトルも出力されません。参考サイトのURLがなくてもタイトルを出力したい場合はifの外に出してください。

aタグのhrefに入れればいいだけの話です。このままだとaタグの中身がないので、タイトルを囲みました。

<div class="sample">
<?php if(get_field('sample', $post->ID): ?>
    <p class="fonttitle"><a href="<?php the_field('sample', $post->ID); ?>">タイトル</a></p>
<?php endif; ?>
</div>

Advanced Custom Fieldsを使用する場合は、get_post_meta()を使用せず、the_field()とget_field()を使うようにしましょう。

また、if文で「ある」場合を先に設定しておくとelseを書かなくて済み、コードがスッキリしますし、無駄な処理も減ります。

$tagという変数は何を指しています？foreachで回した時のそれぞれの値のことですか？

もしそういうことでしたら、
get_tags()の$tag->term_idのところは文字列、数値、オブジェクトでいけますけど、
get_term_link()の$tag->term_idのところは数値かオブジェクトじゃないとダメみたいです。（バグかもしれません）

$tag->term_idは文字列ですので、intval()で数値に変換してあげればいけるはずです。
もしくは$tagをそのまま入れてもいいと思います。

$cloudy_tags = get_terms('faq-tags',array('orderby' => 'count', 'order' => 'desc'));

foreach ($cloudy_tags as $key => $tag) {
	echo get_term_link($tag, 'faq-tags');
	// もしくは
	// echo get_term_link(intval($tag->term_id), 'faq-tags');
}